巴氏腺囊腫手術通常不需住院，一般該手術在門診進行，但手術比較麻煩，手術步驟通常如下：1、局部麻醉：局部注射利多卡因進行麻醉；2、切開引流：在巴氏腺囊腫口的表面切開1-2cm的創口，將囊內液擠出后使用碘伏沖洗膿腔；3、放置引流條：將膿腔沖洗干凈后放置引流條，因為膿腔內的膿液，即便沖洗得再干凈也不會一次性消失，膿腔還會不斷的產生膿液，只是產生的量減少。術后前幾天可能需要每天換藥，即不斷將膿腔進行反復沖洗，同時放置引流條。引流條的作用一方面是引流膿腔中的膿液，另一方面是壓迫止血。因為手術只是將膿腔切開但并不進行縫合止血，放置引流條有壓迫止血的作用。同時膿腔愈合時，需要膿腔內先愈合而后外部再愈合。如果外表先愈合便可能形成囊腔，因此該疾病特別容易復發。放置引流條時，一般每次越放越少，使傷口從內到外逐漸愈合，囊腫的囊腔逐漸縮小而防止后續復發。