針對巴氏腺囊腫長到多大需要開刀手術因人而異，最主要的臨床指征取決于病人自己的感受。如果巴氏腺囊腫發生繼發性感染導致巴氏腺膿腫，感染會導致病人出現非常嚴重的紅、腫、熱、痛等炎癥典型表現。局部皮膚由于充血變紅，局部腫脹讓病人感受到膨脹的壓力疼痛，嚴重影響生活工作。因此巴氏腺膿腫適當時必須予以切開引流，否則給病人帶來痛苦極大。1、不能耐受：巴氏腺囊腫能夠達到2-3公分時，病人自己無論是騎車，采取坐位或者直立行走時都能夠感受到軀體上的不適，甚至有可能會嚴重的影響自己的日常生活，這樣的巴氏腺囊腫就應當給予切開引流處理；2、能夠耐受：如果是對于特殊位置，巴氏腺囊腫盡管長得很大能夠達到3公分甚至4-5公分，可是病人自己可以耐受，沒有任何生活上的不便。這種囊腫還可以再繼續觀察，等待有可能會有自然吸收的時候。對于巴氏腺囊腫多大需要進行開刀的手術，需要進行巴氏腺囊腫的切開、造口、引流，則最主要還是取決于病人自身。如果很小的囊腫讓病人也感受到了不適，隨時可以進行手術。如果很大的囊腫但是病人自身不愿意手術，也是可以繼續觀察的。