巴氏腺位于大陰唇下方，可以分泌黏液，因各種原因導致的腺管口阻塞，則會使黏液排出不暢而形成囊腫。巴氏腺囊腫是潴留囊腫，內部潴留的是巴氏腺所分泌的無色、透明黏液，但當巴氏腺出現感染時囊內液則會變為膿液。由于腺體所在的部位較特殊，同時局部可能會受到褲子的摩擦，因為炎癥或摩擦導致腺管口局部粗糙，時間久了則會出現腺體引流不暢的現象。因為腺管口阻塞導致腺體排出不暢，而形成巴氏腺囊腫。小的巴氏腺囊腫患者沒有癥狀，大的巴氏腺囊腫通常會引起局部不適，需要進行處理。