肝吸蟲病治療與肝吸蟲感染數量、患者免疫功能狀態、感染時間、年齡相關。肝吸蟲感染急性期，可使用吡喹酮進行驅蟲治療，3-6個月可以完全治愈，同時需使用其它抗生素類藥物治療并發癥，如膽囊炎、膽管炎或膽囊結石等。 肝吸蟲感染慢性期治療時間較長，因為肝吸蟲在慢性寄生過程中，對人體肝臟或膽道系統造成不同損害，嚴重可以出現肝癌或膽道惡性病變。此類患者不僅需要進行驅蟲治療或肝臟保護治療，同時還可能需要考慮腫瘤因素，進行抗腫瘤治療。