腸鏡是從肛門口將鏡身插入，先后經過直腸、乙狀結腸、降結腸、橫結腸、升結腸，最后可以看到回盲部甚至小腸末端。腸鏡檢查的目的是判斷結直腸黏膜是否存在異常，如黏膜潰瘍、糜爛，有沒有長息肉、憩室、腫瘤、腸道血管發育異常等。 除了檢查有無異常以外，還可以做治療，如看到息肉且大小合適，還可以做腸鏡下活檢、腸鏡下息肉切除，或黏膜剝脫、黏膜下切除等治療。對于大的腫瘤可以取活檢明確腫瘤病理類型，以決定后續是否需要手術治療。對于某些血管發育異常如毛細血管擴張或有靜脈瘤或有小動脈出血，也可以做鏡下治療來止血等。 腸鏡檢查的目的是排除器質性疾病，才能對腸道功能性疾病下明確診斷。