通常意義上腸鏡指結腸鏡，結腸鏡顧名思義檢查結腸。結腸鏡檢查是將腸鏡從肛門置入之后，沿直腸、乙狀結腸、降結腸、橫結腸、升結腸，一直走到回盲部，即小腸與結腸相交位置，結腸鏡亦可直接送到小腸末端，即末段回腸，可觀察到整個結腸。 腸鏡亦有小腸鏡，小腸鏡目前臨床常用雙氣囊小腸鏡，通常經口走一段、經肛走一段，然后兩端進行匯合，才能完整觀察小腸。現在腸鏡有無創方法，包括膠囊小腸鏡、膠囊結腸鏡，通過清洗腸道之后，經口吞入一粒膠囊，膠囊類似于小攝像機，膠囊在運行過程中可拍攝到小腸、結腸圖如發射出來，之后通過閱讀發射圖如，做出小腸與結腸疾病診斷。