部分乙肝大三陽攜帶者能夠陰轉。一般乙肝病毒分為4個階段，幼年時如果感染乙肝病毒，進入到體內后，雖然其數量比較高，但是不損傷肝細胞，和肝細胞和平共處。此階段肝功能正常，稱為免疫耐受期。但是隨著時間逐漸延長，機體會識別乙肝病毒并非自體所有，并發動進攻。而后一般會出現轉氨酶異常，但是乙肝病毒的數量會下降，此為兩敗俱傷的結果。此階段稱為免疫清除期，即肝功能異常，但是乙肝病毒的數量下降。此階段如果轉氨酶升高，且年齡低于40歲，尤其是基因型B型的患者，可能有2%-15%的患者E抗原能夠消失，且產生E抗體，即能夠達到E抗原的血清學轉換。發生E抗原血清學轉換后，每年有0.5%-1%的患者可以出現表面抗原的陰轉，即能夠清除病毒，達到自愈轉陰的結果。