針對霉菌性食道炎并無特效藥，但是有特殊治療藥物，主要指抗真菌藥。霉菌即為真菌，可以進行抗真菌藥、保護黏膜藥、適當抑制胃酸藥、增強全身抵抗力等治療，具體內容如下：1、抗真菌藥：如制霉素、制霉菌素，其它較高級抗真菌藥，如大扶康，同樣可以服用，為較常用的霉菌性食道炎藥物；2、保護黏膜藥物：除抗霉菌藥外，還包括保護黏膜治療，如鋁鎂加混懸液等，此種藥物可以在食道表面起到保護膜作用，也可以用于治療霉菌性食道炎；3、抑酸藥：避免胃酸進一步刺激食管，藥效不宜過強，少量抑酸藥即可；4、增強全身抵抗力：霉菌性食道炎較多與全身抵抗力下降有關，需要加強鍛煉，增強抵抗力，此措施較重要。