哺乳期女性發生尿路感染可以服用抗菌素進行治療，需要選用對嬰兒安全無害的抗菌素，通常可以選用頭孢二代和頭孢三代的抗菌素。常用的頭孢二代抗菌素是頭孢呋辛，頭孢三代抗菌素中常用的口服藥物是頭孢地尼，靜脈輸液的藥物還包括頭孢曲松、頭孢哌酮等。此類患者需要注意嚴禁服用部分治療成人泌尿系統感染的常用藥，包括喹諾酮類藥物，主要指沙星類藥物，此外還包括磺胺類藥物、呋喃妥因。因為這些藥物會通過乳汁代謝，嬰兒如果吞食了含有這些藥物的乳汁會出現一系列問題。例如吞食含有喹諾酮類藥物的乳汁會導致骨骺過早閉合，影響其發育，吞食含有磺胺藥物的乳汁會使新生兒發生黃疸，吞食含有呋喃妥因的乳汁會影響胎兒發育，最終導致胎兒出現溶血性貧血。除了采用抗生素治療之外，哺乳期女性還可以配合清熱利濕、通淋的中成藥進行輔助治療，常用的藥物有熱淋清、泌淋清、銀花泌炎靈等。