胃腸道間質瘤危險度通常分為4級，即極低危、低危、中危、高危。從理解方面而言，若為極低危的胃腸道間質瘤，可以姑且理解為大致屬于良性疾病，中高危可以理解為惡性腫瘤性疾病。但在臨床上，規范使用危險度分級評判胃腸道間質瘤，即通過以上4個等級，而這4個等級需至少3+1個因素，即3個因素加1個是否破裂因素進行評判，具體如下：1、瘤體大小：如在2cm以下，或2-5cm，或5-10cm甚至更大，腫瘤越大危險度越高；2、瘤體部位：胃腸道間質瘤可以生長于胃、小腸、結腸，也可能生長于胃腸道以外，如腸系膜、腹膜、腹腔內等，危險度也不一致；3、病理檢查：腫瘤切除后，通過病理檢查觀察病理核分裂象，病理核分裂象越高，危險程度越大；4、是否破裂：若間質瘤發生破裂均屬于高危情況，若沒有破裂可能級別與危險度較低。