胃腸間質瘤危險度分成四級，包括極低危險度、低危、中危和高危險度。現在臨床常沿用的就是根據腫瘤大小、部位以及免疫組化檢查的核分裂數，以及腫瘤是否破裂分成四級。 雖然分級采用這個標準，但是臨床使用過程中有一定缺陷。通常患者會問什么是極低危、中危、高危，它們有什么影響，實際上示提示復發風險的分級。極低危險度復發可能性比較小，而高危險度復發的可能性非常大，因此整個臨床分級跟胃腸間質瘤的治療相關。