通常存在肺部真菌感染時可以治愈，目前治療肺部真菌感染藥物較多，包括伏立康唑、伊曲康唑、兩性霉素B、卡泊芬凈、泊沙芬凈等，便宜的藥物為氟康唑，主要根據真菌感染細菌具體類型，如白色念珠菌、曲霉菌素、隱球菌等，不同感染不同真菌類型使用藥物不同。還需要依據疾病嚴重程度，分為較小病灶還是整個肺葉、肺實質均有病灶，真菌是否侵及大腦、食道、胃腸道、肝臟等部位，是否侵入血流等情況，嚴重程度不同預示著不同預后。整體來講所有重癥病人，由于目前存在ICU、較好醫療條件以及ECMO等，重癥肺部侵襲性肺部真菌病感染有80%，甚至更多患者均可以治愈。但仍存在百分之十幾的患者無法治愈，因此病去世，尤其對于毛霉、黑霉感染可以使用藥物很少且病情進展較快、預后較差。大部分真菌感染患者可以治愈，但需要根據醫囑進行足夠療程治療，最低療程為3個月，最高療程達到48個月。根據不同真菌類型采取不同方案，而且還需要根據患者自身反應，恢復較快的患者療程較短，恢復較慢、抵抗力低的患者療程會較長。