急性肝功能衰竭的治療中重要的是早期診斷、早期治療，找到病因、綜合治療。急性肝功能衰竭的治療首先是病因治療，需要找到發生肝功能衰竭的原因。如果是病毒性肝炎，需要盡早進行抗病毒治療；如果患者因妊娠引起急性脂肪肝應該要迅速終止妊娠。 病因解決后應針對急性肝功能衰竭并發癥，如肝性腦病、腦水腫等進行治療。尤其是肝性腦病患者，腦水腫可導致患者出現意識問題。此時需氣管插管、顱內壓檢測、防止癲癇發作，也可需用到甘露醇降顱壓、乳果糖降低血氨。所有急性肝功能衰竭的患者均存在感染細菌或真菌的風險，這時需考慮預防性使用抗生素，甚至有可能需要應用抗真菌藥物。