膽囊摘除后影響分短期、長期，但影響較小。如果要摘除膽囊根部，夾閉后切除整個膽囊、膽囊管。術后短期膽囊儲存膽汁功能、調節功能會受到一定影響，可能出現進食油膩后大便次數增多，出現脂肪瀉情況。少部分患者膽囊切除后會有隱痛感，稱為膽囊切除術后綜合征，可能由于膽囊切除后，膽管里面膽汁流速較快，引起Oddi括約肌，即膽管下端肌肉痙攣，也可能出現隱痛。 此外，膽囊切除后，膽鹽平衡破壞后進入腸道，引起腸道結腸息肉，結腸癌發病率增高。但需要遠期過程，如30-40年后，結腸癌發病率可能升高，但目前科學研究并沒有完全證實。