所謂低位復雜性肛瘺是指一條或多條瘺道，但是位置又沒有穿過括約肌深層以上部分肌肉，叫低位復雜性瘺道。因為瘺道往往不是一個，所以治療起來也是有選擇的。低位復雜性瘺道必須通過手術才能根治。一般做手術的要點是要先處理掉最初的感染內口，即感染的來源必須去除掉，然后瘺道達到敞開的目的，因為它是低位的，肌肉損傷不會引起括約功能變化，所以相對來說好一點。低位復雜性肛瘺還要找清所有瘺道的走行，另外辨別它的來源是統一的一個腺體，還是分別不同的內口。如果是分別不同的內口要分別處理，這樣才能達到低位復雜性肛瘺一次性治愈的目的。