膽囊切除后會引起一些并發癥，最常見的后遺癥是消化功能障礙，患者容易出現腹瀉。若膽結石發生在膽囊內，可能需要通過手術把膽囊一起切除。因為保膽取石很容易重新長結石，效果不佳。因為膽囊結石長期的炎癥刺激，膽囊壁增厚，膽囊可能會有惡變風險。 隨時間延長，膽總管可能會代償部分功能，這種癥狀在半年或更長的時間可能會好轉。此外，膽囊具有一定消化功能，遠期結腸腫瘤發生率可能會增高。 總體而言，切除膽囊比不切除膽囊有更多益處。因為不切除膽囊結石會導致患者出現疼痛以及生活質量下降，還會帶來其它并發癥，如膽囊壁惡變、膽囊膽總管內瘺、穿孔等。