乳糖不耐受的嬰兒進食母乳也會導致腹瀉，需補充足量乳糖酶。母乳中碳水化合物以乳糖為主，因而食用母乳會導致乳糖不耐受的嬰兒出現腹瀉癥狀。此類嬰兒主要是由于乳糖酶含量不足，從而導致無法較好分解母乳中的乳糖造成腹瀉。目前可給嬰兒補充人工提煉的乳糖酶消化乳糖，具體操作是將適量的乳糖酶與10ml-15ml母乳調勻，在哺乳前15分鐘給嬰兒飲用。若新生兒每天進食6-8次母乳，則也應盡量補充6-8次乳糖酶，從而避免出現乳糖不耐受導致腹瀉癥狀。隨時間推移嬰兒自身可產生足量乳糖酶時，可停止補充外用乳糖酶。