母乳可能會引起乳糖不耐受，乳糖不耐受通常指腸道內缺乏乳糖酶，導致母乳或奶粉中的乳糖消化不良，不能被正常消化吸收，形成滲透性腹瀉的表現。乳糖為乳類中重要的糖類，通常在奶粉和母乳中均含有，部分嬰兒由于先天或后天因素，比如病毒性腸炎或食物蛋白不耐受等，造成腸黏膜損傷，從而導致乳糖酶分泌減少，造成患兒無論吃母乳還是奶粉，其中的乳糖均不能得到消化吸收，從而使乳糖在腸道被細菌分解，形成滲透性腹瀉。滲透性腹瀉容易引起患兒繼發性腹痛、肚脹、哭鬧、腹瀉，以及水樣便、泡沫便等表現。乳糖酶是腸道里面比較重要的消化酶，當乳糖酶缺乏時，無論是母乳還是奶粉喂養的患兒，均會出現乳糖不耐受的現象。