嬰兒乳糖不耐受，主要影響其消化功能。最主要危害，即出現兒童慢性腹瀉，大便次數增多，每天都拉很多次水樣便，嚴重乳糖不耐受會造成大便潛血。長期乳糖不耐受、腹瀉，會造成營養物質攝取減少，引起營養不良，體格生長發育遲緩，即身高、體重不達標，此為乳糖不耐受的典型危害。隨著時間延長，孩子食欲減低，營養攝取不夠，丟失多、攝取少，會出現營養不良表現，導致體格生長發育遲緩。對乳糖不耐受的嬰兒必須及時處理，漢族人對于乳糖不耐受的發生率比較高，需要積極處理乳糖不耐受的情況。輕者可以加用乳糖酶進行緩解，重者只能吃免乳糖奶或免乳糖奶粉進行處理。當然乳糖不耐受，并非終生如此，隨著年齡增加，乳糖酶合成也會增加，乳糖不耐受的情況會有所緩解、減輕。乳糖并非不好，乳糖對神經發育非常重要，不能長期喝免乳糖奶，癥狀緩解以后逐漸增加含有乳糖的奶，誘導乳糖酶生成，從而緩解乳糖不耐受癥狀。