蛛網膜囊腫手術主要包括神經內鏡微創、囊腫開窗、分流手術或者打通囊腫、腦池、腦溝等，使囊腫的腦積液參與腦部腦積液的正常循環，也可以考慮進行囊腫的穿刺和分流，通過分流手術的方式，能夠引流囊腫內的腦積液，使囊腫逐步萎縮、塌陷。蛛網膜囊腫的手術治療對于兒童的價值更大，因為囊腫比較大的患兒會出現腦組織明顯受壓，而蛛網膜囊腫進行治療后，局部的腦組織受壓情況得到改善，有助于促進患兒腦組織再次發育。但是并非發現蛛網膜囊腫后必須進行手術治療。大部分蛛網膜囊腫屬于先天性囊腫，如果并未引起患者發生相應的癥狀，只是在進行CT或者磁共振檢查時意外發現，無需進行手術治療。只有體積較大且高張力性的蛛網膜囊腫，使患者腦組織受壓，出現頭痛、頭暈等癥狀，或者引起患者癲癇發作等情況時，才需要進行手術治療。