所有手術存在一定程度的風險或并發癥，蛛網膜囊腫內鏡手術的主要風險在于感染。因為微創也需要切骨窗才能達到腦組織內，可能有感染的可能性，可能會引起硬膜下積液，或者皮下積液等情況的發生。 蛛網膜囊腫是顱內由蛛網膜包繞腦脊液形成的囊性病變，通常情況下患者沒有臨床癥狀，90%以上的病人也無需進行特殊處理。但是假如出現囊腫進行性增大，或囊腫壓迫腦組織、神經、血管引起一系列的癥狀，或者出現腦積水等情況，這時可能需要進行外科手術處理。 內鏡手術是目前比較熱門的手術方式，能夠將囊壁與正常腦池打通，使囊內液體參與到正常的腦脊液循環，從而能達到使囊腫縮小甚至逐漸消失的目的。手術目前在國內或者國際的安全性比較高，成功率大概能達到90%以上。