間質瘤通常在胃里面，一般發生在胃底，在胃壁的第四層，是固有肌層的病變。因為胃間質瘤是在黏膜下層，所以表層用的普通胃鏡，只能看到是隆起病變，但是到底是有多大、有多深，性質怎么樣都觀察不到。因此需要使用超聲內鏡。 超聲內鏡常規分為大探頭和小探頭，不管是哪一種探頭，都可以做相應檢查，只不過大探頭看得更遠、更深，可以看到胃壁腔外病變。因此對于3cm、5cm、6cm的間質瘤，大探頭的超聲內鏡都可以觀察清楚病變。同時在超聲內鏡底下，還可以進行相應的穿刺檢測，可以穿刺出來一部分病變組織，進行相應病理學檢查。