超聲內鏡和胃鏡不同，胃鏡僅僅能發現黏膜層的病變，而對于黏膜下的病灶，如果病灶的表面非常光滑，這個時候胃鏡沒辦法明確，也沒辦法進行病理活檢去明確病灶的性質。這時候就需要超聲內鏡，來進一步評估隆起性病變病灶的起源、層次及其回聲的改變，判斷病灶的性質，是間質瘤、平滑肌瘤，還是脂肪瘤等。 超聲內鏡有助于指導進一步的治療，超聲內鏡不僅僅只是做診斷，還能做治療。在所謂的扇掃超聲內鏡下，能夠在超聲探頭的指引下做穿刺、引流、切開、置入支架等介入性治療。