鼻咽拭子檢測是否會疼可能因人而異，有些人可能會感覺到很明顯的不適或者疼痛。鼻咽拭子的檢查主要是通過一個棉花棒插入到鼻咽深處在鼻咽部進行采樣，也就是咽部的上方。這個過程中一般是用專用的鼻咽拭子，也就是棉棒，相對比較偏軟，方便在鼻腔里的插入。棉棒在插入的過程中可能會有一些酸脹不適，或者與周圍的黏膜摩擦會有疼痛的感覺，肯定取樣的過程要比普通的咽拭子癥狀重一些，不適感更強一些，但是一般可以耐受。有一些鼻腔結構畸形的患者，特別是鼻中隔偏曲或者鼻甲肥大、鼻腔狹窄的患者，在進行鼻咽拭子的時候通過比較困難，可能有部分患者會要換另外一側的鼻腔。總之如果經過比較狹窄的地方，摩擦力比較大，患者就更加的痛苦一些。