食管裂孔疝的手術是針對食管下段及胃底進行，手術的過程是對食管的下端以及胃底、賁門的位置，通過適當的游離，將其從胸腔重新拉入到腹腔，然后針對食管裂孔來做修復，對胃底做包埋，甚至針對食管下端做縫合固定來防止新的反流發生。 以上操作對于食管還有胃底的消化道功能而言，有一定影響，手術之后大部分病人需要1-2天的時間來進行消化道功能的重新恢復，之后消化道功能會恢復正常。