患者出現輕微腦干血栓可以完全恢復，此類情況病灶較小、血管條件較好，未累及關鍵位置且未出現明顯并發癥，經過積極治療和康復鍛煉，多數患者可以完全恢復，僅少數患者可能遺留后遺癥。如果腦干血栓面積較大、反復發生腦梗或累及的位置十分關鍵，患者可能遺留部分后遺癥。梗死次數愈多、梗死面積愈大，患者恢復可能愈差。患者癥狀不等同于疾病嚴重程度，因為部分情況下癥狀可以輕微，但血管條件較差且合并癥較多時，會導致患者反復發生腦梗。如果腦梗不斷累及、增加，則該患者將來恢復的情況也可能較差。