小腸可以分為十二指腸、空腸、回腸，與胃相連部位是十二指腸，一直到十二指腸懸肌韌帶，是被檢查者本人12個手指并列的長度，所以稱為十二指腸。再往遠處走，位于人體左側腹部是空腸，十二指腸與空腸相連。再往下一直到結腸起始端，為回腸，回腸通過回盲瓣與結腸相連。食糜通過小腸源源不斷往結腸運送，小腸是重要營養素吸收的位置，從十二指腸逐漸開始吸收營養素，如鐵、維生素、葉酸、蛋白質、脂肪等，都通過小腸吸收為主，剩下殘余水分從結腸進行吸收。小腸長度因人而異，4-7m都有可能。所以在檢查小腸時難度比較大，可以進行小腸鏡檢查，一般要從口側進行一次，再從肛側進行一次，才能將小腸完全看清楚。