小腸的生理功能，主要包括運動、分泌、消化以及吸收功能。小腸吸收多種維生素、葡萄糖、氨基酸、脂肪酸、甘油、無機鹽等，在進食過程當中，食糜從胃進入小腸后，在小腸內停留時間較長，一般為3-8h，可提供充分的吸收時間。小腸分泌液可以進入小腸腔內，胰腺分泌的胰液、肝臟分泌的膽汁，也可通過導管進入腸腔內。經過小腸內胰液、膽汁和小腸液的化學性消化，以及小腸運動的機械性消化后，使食糜變成乳狀。再經消化液中各種酶的作用，使食物中的淀粉，最終分解為葡萄糖。蛋白質最終分解為氨基酸，脂肪最終分解為甘油和脂肪酸。小腸是主要的吸收器官，小腸絨毛為吸收營養物質的主要部位。如果將小腸絨毛展開撐平，其面積可以覆蓋半個網球場。小腸內面積越大，則吸收越多。巨大的表面積使營養物質能在1-2h內迅速吸收。食物殘渣、部分水分和無機鹽等，借助小腸的運動被推入大腸。