經皮腎鏡手術對腎臟損害相對較小，但根據手術大小、結石大小以及過程、時間不同，損害程度不同，常見如下：1、穿孔治療：經皮腎鏡手術需要經過腰部、背部穿刺至腎盂系統，在此過程中對腎臟具有損害。由于直接進行對腎盂的穿孔，會對經過穿孔部位腎臟實質組織造成創傷與損害。通常情況下損害較小且無需特殊處理，3-5天后可自行愈合，1個月后傷口可完全愈合；2、碎石治療：經皮腎鏡在碎石過程當中，使用激光、超聲彈道對結石進行粉碎處理，該過程對腎臟會造成損傷，但傷害比結石給腎臟帶來的傷害小，無需過于擔心。