系統紅斑狼瘡性腎炎較難治療，若不定期隨訪，不遵從醫囑、不規范治療，可能導致疾病更難治療，以及不積極控制感染等均是兒童狼瘡性腎炎致死原因。因此系統性紅斑狼瘡并非是好治的疾病，但在難治病情況下，若經正規治療，5年存活率可達到44%-93%。 患者死亡原因主要是未經過正規治療、正規服藥，且伴有多臟器嚴重損害、重癥感染，或出現急進性狼瘡性腎炎的慢性腎功能不全等情況。因此臨床治療難度會非常大，預后較差。