鰓裂瘺管需要手術治療，將瘺管整個切除，手術難度根據瘺管長度決定。通常瘺管越短手術難度越小，手術后出現復發的風險更小。臨床70%-80%的患兒的瘺管只有2-3cm的長度，術后復發的風險較小。 如果是完全型先天性鰓裂瘺管，根部緊貼動脈，手術風險相對較大。另外，因為瘺管過長，開始手術時在瘺口位置。但頸動脈位置較高，不可能從原先的鰓裂瘺口進行手術。因此，1個小切口不夠，可能還會在頸動脈附近還要再做切口，這是術后有2個切口的原因。