手指起小水皰可由多種原因導致，具體原因如下：1、先天性疾病：如汗皰疹等，可導致手指出現水皰；2、真菌感染：如手癬等，可使手指部位起小水皰；3、皰疹病毒感染：如水痘-帶狀皰疹病毒感染等，可導致手指出現水皰；4、變態反應性疾病：如濕疹，以及其他比較劇烈的局部變態反應，都可以導致手指部位出現水皰。手指部位的小水皰在臨床上最常見的原因是濕疹和手癬。而判斷何種原因所導致的小水皰，首先不同疾病的臨床表現存在差異，可以前往醫院請專業醫生進行檢查、判斷。其次可通過皮膚檢查等輔助檢查判斷出現小水皰的原因，如果為真菌感染，通過真菌熒光檢測，通常可以觀察到孢子和菌絲，如果為濕疹，則不會觀察到孢子和菌絲。