染色體異常引起的復發性流產有胚胎的染色體異常，如整倍體的異常、非整倍體的異常，常見的是唐氏綜合征，即21-三體，其它的還有18-三體、13-三體，這是非整倍體的異常。還有單體型的異常多倍體型、嵌合體，這種染色體的異常是數目的異常。 胚胎染色體的異常還有結構性的異常，如染色體的異位、平衡易位、羅氏易位等，還有倒位、臂內倒位、臂間倒位、微缺失、微重復等，無論是染色體的結構異常還是數目異常，對胚胎來說最終的結局都是導致胎停育，這種病人可能會出現復發性流產。 這種異常理論上是可以試孕的，其有一定幾率可以通過自然受孕獲得自己的寶寶，但是同樣也面臨再次胎停育的風險。如果反復的發生多次胎停育，且又查到父母染色體確實存在異常，建議患者去做第三代的試管嬰兒，進行產前的檢查、植入前的診斷，若是好的胚胎，就可以把其移植到子宮內，叫第三代的試管嬰兒，雖然費用高，但是可以避免染色體異常導致的復發性流產。 染色體異常之外的原因引起的復發性流產，做試管嬰兒不能避免再次胎停育，所以第三代的試管嬰兒確實能夠挽救染色體異常導致的復發性流產。