根尖囊腫首選手術治療，因為只有手術的切除才是最徹底的治療方法，同時要看囊腫波及的范圍，如果單顆牙不一定手術，可以通過根管治療后觀察2-3個月,如果囊腫消失不需要進一步手術切除。如果波及的牙位較多如2-3顆，甚至4-5顆，要對患牙進行根管治療后再對根尖的囊腫進行刮除，有的影響到頜骨也可通過引流的方法或在囊腔里面打上藥物讓囊腫慢慢消失，臨床也會用一些保守的方法進行治療。