根尖周囊腫通常囊腫面積不是很大，多局限在病變牙的根尖部，邊界非常清楚。同時病變中心是囊性的陰影，骨質吸收區周圍可以有白色的骨質反應線，也叫骨白線，此情況是根尖周囊腫典型的影像學表現。臨床上根尖周囊腫要跟根尖周膿腫、頜骨囊腫進行鑒別，根尖周膿腫大小與根尖周囊腫類似，局限在一個牙的根尖周。但是膿腫周圍邊界不是很清晰，沒有白色的骨質反應線，臨床癥狀也有急性炎癥的表現，如疼痛、紅腫等。而頜骨囊腫范圍比較大，通常在兩個牙以上，此區域則不是根尖周囊腫，而是頜骨囊腫。頜骨囊腫的表現與根尖周囊腫類似，也是中間是密度減低區，周圍有骨白線。因此根尖周囊腫的影像學表現很有特異性。