支氣管內膜結核與肺結核的治療方法一樣，主要采用抗結核藥物進行早期、聯合、足量、足療程的治療。疾病的主要特點是病人出現明顯的咳嗽癥狀，可表現為較劇烈或長期、慢性的咳嗽，而且通過咳痰排出結核菌，傳染的風險較高。除積極的抗結核治療外，還要針對伴隨癥狀進行控制，如使用止咳藥物進一步緩解病情。通常積極的抗結核治療3-6個月，病變會得到較為明顯的控制，傳染性也會有明顯的下降。支氣管內膜結核比較明顯的傳染性，因此痰液的抗酸菌檢查較為重要。