支氣管內膜結核的治療方法與肺結核是相同的，都是采取化學治療。化學治療的原則就是早期、規律、適量、全程、聯合。整個治療過程分為強化和鞏固治療兩個階段，一般的治療時程至少要6個月。 當然不同類型的結核，治療的時程也會有所不同，但最少不能少于6個月，一般強化治療階段2個月，鞏固治療階段4個月。應用于抗結核的藥物，有異煙肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、鏈霉素等，目前鏈霉素很少應用于結核的治療。另外，還有一些復合的固定劑量的藥物，也可以應用。所以對于支氣管內膜結核的治療，同樣也是進行抗結核治療，也就是進行肺結核的化學治療。 在化學治療的過程中，需要注意結核藥的副作用，特別是對肝腎功能的損傷。