微創治療主要包括ERCP方式、腹腔鏡方式，肝內膽管結石包括兩部分，Ⅰ級膽管結石以及Ⅱ級以上的膽管結石，需要分別對待。ERCP只能取到Ⅰ級膽管結石，而在分支以下的結石沒法取。所以ERCP的微創治療只限于Ⅰ級分支肝內膽管，即左右肝管或肝總管或膽總管結石，可以通過ERCP方法來取。腹腔鏡也是微創治療，可以通過腹腔鏡手術取石，通過腹腔鏡下進行膽道鏡檢查，可以把Ⅰ級到Ⅱ級以下的膽管結石取出。 但在Ⅱ級以上的分支膽管結石，做腹腔鏡膽道探查取石方法比較困難。根據病人的情況，如結石引起膽道梗阻，已經引起部分肝葉萎縮，肝功能沒有喪失。為了治療結石疾病，需要做肝段或肝葉切除，這時不叫取石，而叫腹腔鏡微創手術或肝部分切除手術。由于膽總管堵住，肝臟萎縮，把病變部分的肝臟膽管切掉，達到治療目的。