灼口綜合征一般沒有特別有效的特效藥，可以給予相應的提高免疫力的藥物，增強免疫力的制劑如胸腺肽，以及相關的口服藥物，或注射針劑。再有可以給予相應的漱口液，如康復新液、西吡氯銨漱口液等，治療口腔感染以及改善口腔環境，并且殺滅細菌的漱口外用藥物。對于有些灼口綜合征伴有潰瘍的，可以使用貝復新凝膠，以及碘甘油等藥物進行涂抹，從而將糜爛部位或潰瘍部位進行有效的治療。灼口綜合征多半可能是由于患者免疫系統以及內分泌系統紊亂所引起，可能是由于全身系統性疾病在口腔的表現，對于此類綜合征很難找到相關病因，因此很難找到特別有效的藥物。只要找到導致灼口綜合征的病因，然后給予相應針對性的藥物，就是特效藥，就可以盡早、盡快將灼口綜合征進行有效改善。