半夜腹痛的原因，根據疼痛部位不同，病因不同。應及時就醫診斷，以免延誤急腹癥的治療。具體病因分析如下：1、十二指腸潰瘍：胃脘部疼痛，在夜間發作，睡眠時疼醒，可能是十二指腸潰瘍，球部以及球后的潰瘍，可伴有惡心、嘔吐等情況；2、膽囊炎發作：右上腹疼痛為主，伴有惡心、嘔吐或發熱等；3、急性腸胃炎：夜間睡眠中出現臍周的疼痛，同時需上廁所，跑肚、拉稀；4、黃體破裂：同房后出現下腹部疼痛，可局限在一側；5、宮外孕破裂：不明原因的育齡期女性伴有停經等，出現急劇的腹部的疼痛，尤其是下腹部的疼痛。