性別重置手術后遺癥分為兩類，包括男變女或者是女變男。男變女的性別重置手術內容包括有陰莖、陰囊的切除，還有陰道的再造，然后還有隆胸手術和面部的男性女性化手術，以及喉結手術。每項手術項目都具有相應的風險和并發癥，比如陰莖、陰囊下體手術，就是陰莖、陰囊切除和陰道再造的并發癥。首先是陰道再造，需要提取自身的一些組織進行造穴以后做出陰道，自身組織可以選擇的有切除的陰莖、陰囊皮，也可以選擇結腸組織。使用陰莖、陰囊皮，可能出現的并發癥是陰道的長度、寬度不夠，或者是出現術后的攣縮、陰道口的狹窄，甚至會有感染壞死的風險。也可以使用結腸代替陰道的方法，相應的并發癥可能有局部腸段的壞死或者感染，同時使用腸道做出的陰道，通常會有氣味，可能需要定期清洗。但是相對的攣縮和攣縮的狹窄機會較少。與陰莖陰囊皮做出的陰道相比，相應的長度和寬度相對比較足夠。 對于其它的并發癥，比如隆胸手術的并發癥，可以通過假體隆胸或者是自體脂肪的隆胸實現。假體隆胸可能會具有移位、假體感染，或者是包膜攣縮等并發癥，使用自體脂肪填充，也可能會有脂肪存活不良，或者是局部產生硬結、左右不對稱的并發癥。