門靜脈栓塞主要依靠藥物治療，但是出現門靜脈高壓，靜脈側支循環導致消化道出血的危險，或出現腸系膜靜脈淤血，可能要通過手術或介入TIPS進行治療。TIPS是指經頸靜脈穿刺門體分流手術，可以通過頸靜脈穿刺到下腔靜脈，在下腔靜脈肝臟處，對準門靜脈的部位穿刺。穿刺后使下腔靜脈和門靜脈溝通，再在內部放置人工血管支架。通過通路可以在門靜脈，注入溶栓的藥物將血栓消融。總體而言，門靜脈栓塞的治療方法不多，且TIPS具有一定風險。如果沒有消化道出血的風險，通常盡量考慮藥物治療。藥物主要為抗凝藥物，如華法林、低分子肝素鈣、利伐沙班、阿哌沙班或者達比加群等。