門靜脈血栓的臨床表現取決于門靜脈血栓的形成快慢，有急性形成的門靜脈血栓和緩慢形成的門靜脈血栓：一、急性形成的門靜脈血栓：合并腸系膜的血栓，導致嚴重的致死性的病變，大量的血流在瞬間被終止，可能會引起急性肝衰，包括急性的腸系膜回流靜脈障礙，從而導致致死性的病變。二、緩慢形成的門靜脈血栓：1、肝硬化或肝萎縮：門靜脈中大量的血流進入肝臟，用于營養肝臟，門靜脈血栓會導致血流中斷，導致缺血性的肝壞死。壞死后異常殘余的肝細胞增生，導致肝硬化的發生，也有可能導致肝臟區域性的血流供應終止，出現肝臟萎縮；2、門靜脈壓力升高：門靜脈壓力升高會導致相關的異常表現，最常見的是側支循環開放、食管胃底靜脈曲張，嚴重時會引起嘔血、便血。也容易導致脾腫大、脾功能亢進以及大量的腹水。