正常肉芽不用修剪，因為肉芽是正常組織。但如果肉芽高于創面、高于皮膚之上，此時必須修剪，如果不修剪，皮膚爬不上去。肛瘺治療原則是切開整個肛瘺，讓壞死組織脫落，管壁壞死組織都會變成膿液流出來。當壞死組織全部脫落以后，會從基底部長出正常肉芽，只要不長虛即可。但是，如果都填滿以后肉芽再長高，則需要修剪，因為只有修剪后，創口邊上的皮膚才能往上爬，如果不處理肉芽，皮膚永遠爬不上去。 許多患者在肉芽長得差不多就不再復查，幾個月后仍然覺得大便時有血和疼痛感，此時才去醫院就診，往往因為肉芽長的比較多，皮膚不能完全爬上去，達不到愈合的效果，才導致大便時有血、疼痛感，故肉芽多出的部分一定要修剪。