扁桃體一側切除和兩側切除的區別，主要是手術方式的選擇。一般對于扁桃體肥大，特別是生理性肥大阻塞氣道的，都建議雙側扁桃體切除，盡管可能一側大，一側小，也建議雙側扁桃體切除。因為這個時候，如果僅進行了單側扁桃體切除，另外一側，很可能會代償性地增生，重新引發氣道的堵塞，從而引發二次手術。有一些反復發作的慢性扁桃體炎，也建議雙側切除，可以可以徹底根治扁桃體炎。如果是成年人，單側的扁桃體腫大，而且高度懷疑是腫瘤性的病變的時候，通常進行單側的腫瘤病變側的扁桃體切除，術后輔以放療或者化療。總之，對于兒童的扁桃體的肥大增生，或者引起張口呼吸、打鼾，或者引起腺樣體面容，或者扁桃體的反復發炎，多采用雙側切除。