甲狀腺全切術的后遺癥，無論是良性還是惡性，通常會出現甲減。所以需外源性補充左旋甲狀腺素鈉片，進行甲狀腺素替代，一般需終身藥物依賴。另外，可出現神經損傷，因為甲狀腺周圍有兩個較重要的神經，如喉返神經，如果單側損傷，可造成聲音嘶啞。如果雙側損傷，則更加嚴重，部分病人可出現窒息，無法呼吸的情況，需進行氣切治療，一般對病人影響較大。全切術雙側損傷喉返神經，部分病人可出現喉上神經損傷，構音聲調變化，聲音較低，發高音發不上去。除外，可出現甲狀旁腺功能減退的可能性，主要是甲狀旁腺被誤切，或者功能受損引起低鈣現象。目前因為甲狀腺素有替代，但沒有甲狀旁腺素替代，所以需給病人長期補鈣，甚至長期補充維生素D，促進骨鈣的沉積吸收。