不完全川崎病是指發熱時間≥5天，抗感染治療效果不好，但是具備了川崎病的2-3條主要臨床表現，比如具有發熱、皮疹、唇紅、皸裂，沒有其它川崎病的表現，但是炎性指標明顯升高，同時冠狀動脈發現有冠狀動脈的擴張。在除外其它疾病后，就可以臨床診斷為不完全川崎病。如果是不明原因的發熱7天以上，或不明原因的發熱伴休克，不明原因的發熱伴煩躁、納差情況時，也要考慮不完全川崎病的診斷。不完全川崎病除了冠狀動脈有病變之外，實驗室檢查也可以提供相關的診斷依據，比如孩子除了發熱，沒有其它典型川崎病癥狀和體征，但是評估實驗室指標提示C反應蛋白明顯升高、血沉明顯升高。此時要動態監測其它實驗室指標，比如血常規，有無白細胞的明顯增多，血生化有無提示低白蛋白血癥，血小板或凝血功能是否正常，心臟彩超和冠脈超聲是否正常，實驗室指標和輔助檢查都有助于不完全川崎病的診斷。