由于肛周皮膚神經比較豐富，神經末梢對于疼痛特別敏感。肛瘺手術后疼痛緩解時間取決于患者具體病情，患者掛線脫落后疼痛減輕是在7-14天左右，在此期間患者由于疼痛刺激耐受程度也增加，如果沒有再過度刺激，病人疼痛基本可緩解。 如果為復雜性肛瘺，由于肛周組織破壞比較多，疼痛時間比較長。如果是單純低位肛瘺，由于組織破壞少，術后持續時間相對比較短。疼痛緩解時間還取決于患者對于疼痛耐受程度，部分患者對疼痛耐受差，所以此類病人疼痛時間相對比正常人疼痛時間長。如果沒有影響組織愈合的因素，肛瘺創面很快愈合，疼痛可在短時間內得到緩解。