肛瘺術后大便太痛原因有很多，如肛門口解剖問題。如肛門附近神經末梢相當豐富，較敏感，如果該地方有刀疤，則會很痛。且術后排便肛門有擴張過程，對創面、傷口有牽拉、撕拉過程，會加重術后疼痛。 而恢復期需根據創面愈合快慢、對疼痛敏感性決定。因每個人對疼痛的閾值不同，如部分人對疼痛非常敏感，疼痛恢復相對慢。而術后消除對排便的恐懼感后，會逐步從稀便到成形大便，如大便接近正常或有成形大便，而自己又未特別恐懼，則疼痛感會逐漸消失。如果完全消失，需等創面基本愈合。如果生活習慣較好，疼痛感也會相對輕很多。