假性胰腺囊腫在原發病早期如急性胰腺炎急性期，或者胰腺外傷早期，適宜行B超或CT引導下囊腫穿刺置管引流手術。有的病人經過治療、觀察、原發病好轉，囊腫可自行吸收。半年到一年觀察后，如果囊腫不能自行吸收，可選擇開腹或者是腹腔鏡下囊腫空腸Roux-en-Y吻合手術、囊腫胃吻合手術、內鏡下胃囊腫支架引流術等。 胰腺真性囊腫根據發病部位選擇不同手術方法，如囊腫比較小、位置表淺、與主胰管不通，可行囊腫剝離術。如囊腫位于胰頭部，可選擇胰頭十二指腸切除手術。如囊腫位于胰體尾部可選擇胰體、胰尾切除手術；潴留性囊腫一般位于胰體尾部，可選擇開腹或者是腹腔鏡下囊腫切除手術，或者在確定囊腫沒有癌變情況下實行囊腫空腸Roux-en-Y吻合手術。